A côté du régime général de la sécurité sociale existe une série de régimes qui n’obéissent pas aux mêmes règles.

Ils concernent :
 Les fonctionnaires
 Les collectivités territoriales
 Les militaires
 Les marins
 Les artisans et commerçants

Chacun d’entre eux a des particularités.

Chez les artisans et commerçants la reconnaissance en maladie professionnelle n’existe pas.

Dans d’autres régimes elle est possible, mais avec des dispositions particulières qui diffèrent selon les cas, comme par exemple :
 Une limitation de l’indemnisation aux seuls taux d’IPP égaux ou supérieurs à 10%,
 Une impossibilité d’engager une action en faute inexcusable,
 Pas de présomption d’imputabilité (Il faut apporter la preuve d’un lien direct entre maladie et exposition professionnelle)

Pour les militaires, le cumul entre une pension de retraite anticipée et une pension pour maladie professionnelle n’est pas possible.

Les dossiers de salariés affiliés à ces régimes sont donc souvent complexes. Il est donc utile pour les personnes concernées de prendre conseil auprès d’une association, d’un(e) assistant(e) social(e), ou d’une consultation de pathologies professionnelles.